Генетическое и физическое картирование локуса Lps: выявление рецептора Toll-4 в качестве гена-кандидата в критической области

По результатам анализа 2093 мейозов в двух отдельных внутривидовых возвратных скрещиваниях мутацию Lpsd у мышей локализовали в генетическом интервале протяжённостью 0,9 сМ. При картировании исследовали 19 генетических маркеров, расположенных вблизи мутации. Большинство из них представляли собой ранее не описанные полиморфные микросателлиты, выявленные при фрагментации клонов YAC и BAC, охватывающих исследуемую область. Мутация Lpsd не отделялась рекомбинацией от микросателлитного маркера D4MIT178 и трёх новых полиморфных микросателлитов, обнаруженных рядом с ним. Мутация была ограничена двумя новыми микросателлитными маркерами, обозначенными здесь как «B» и «83.3». Маркер B расположен со стороны центромеры; в выборке из 1600 мышей от мутации его отделяли четыре рекомбинации. Маркер 83.3 расположен дистальнее мутации; в выборке из 493 мышей его отделяли три рекомбинации. Для покрытия более 95% критической области собрали 66 клонов BAC и один клон YAC. По данным электрофореза в импульсном поле и флуоресцентной гибридизации in situ, интервал B—83.3 составляет около 3,2 Мб. Также была определена минимальная область с нулевой рекомбинационной дистанцией от Lpsd, физический размер которой составил приблизительно 1,2 Мб. Для поиска генов-кандидатов в критической области выполнили около 40 000 реакций секвенирования. Для выявления генов во всей области с нулевой рекомбинационной дистанцией также использовали селективную гибридизацию и метод ловушки экзонов. Во всей критической области был обнаружен только один интактный ген. Он кодирует рецептор Toll-4, относящийся к семейству рецепторов ИЛ-1.