BLAST 2 Sequences — новый инструмент для сравнения белковых и нуклеотидных последовательностей

Описан новый инструмент «BLAST 2 Sequences», основанный на BLAST и предназначенный для выравнивания двух белковых или нуклеотидных последовательностей. Стандартная программа BLAST широко используется для поиска гомологичных последовательностей в базах данных нуклеотидных и белковых последовательностей, однако нередко требуется сравнить только две уже известные гомологичные последовательности, полученные от родственных видов или, например, разных изолятов одного вируса. В таких случаях поиск по всей базе данных неоправданно увеличивает затраты времени. «BLAST 2 Sequences» использует алгоритм BLAST для попарного сравнения последовательностей ДНК или белков. Веб-версия программы доступна для интерактивной работы на сайте NCBI (http://www.ncbi.nlm.nih.gov/gorf/bl2.++ +html). Полученные выравнивания представлены в графическом и текстовом виде. Варианты программы для PC (Windows), Mac и нескольких платформ на базе UNIX можно загрузить с FTP-сайта NCBI (ftp://ncbi.nlm.nih.gov).