Универсальный набор праймеров для амплификации геномов полной длины всех вирусов гриппа A

Для систематического выявления и анализа 15 подтипов гемагглютинина (HA) и 9 подтипов нейраминидазы (NA) вируса гриппа A необходимы надёжные и простые методы, позволяющие не только определять частичные последовательности, но и анализировать геном вируса целиком. Мы разработали праймеры, используя тот факт, что концевые последовательности геномной вирусной РНК длиной 15 и 21 нуклеотид консервативны у всех вирусов гриппа A и уникальны для каждого сегмента. На 3'-конце праймеров для каждого сегмента находятся нуклеотиды, специфичные для вируса гриппа, а на 5'-конце — нуклеотиды, отсутствующие у вируса гриппа. С этим набором праймеров удалось амплифицировать все восемь сегментов вирусов с подтипами нейраминидазы N1, N2, N4, N5 и N8. У подтипов N3, N6, N7 и N9 сегмент-специфичные последовательности генов нейраминидазы отличаются, поэтому конструкцию праймеров оптимизировали, чтобы обеспечить амплификацию и этих генов. Полученный набор праймеров подходит для всех вирусов гриппа A и позволяет получать полноразмерную кДНК, проводить субтипирование вирусов, секвенировать их ДНК и конструировать экспрессионные плазмиды для систем обратной генетики.