Предсказание неупорядоченных участков белков: значение для структурной протеомики

В эпоху протеомики и структурной геномики одной из главных задач является предсказание структуры и функции белков, в том числе выявление белков с частично или полностью неупорядоченной структурой. Неупорядоченные участки белков часто содержат короткие линейные пептидные мотивы (например, лиганды SH3 и сигналы адресации), важные для функции белка. Мы представляем DisEMBL — вычислительный инструмент для предсказания неупорядоченных участков в аминокислотной последовательности белка. Поскольку чёткого определения неупорядоченности нет, мы разработали параметры, основанные на нескольких альтернативных определениях, и предложили новый параметр, основанный на концепции «горячих петель» — участков типа случайного клубка с высокими температурными факторами. Исключение потенциально неупорядоченных участков из конструкций для экспрессии белка может повысить уровень экспрессии, улучшить способность белка к сворачиванию и повысить его стабильность. Поэтому DisEMBL полезен для выбора мишеней и проектирования конструкций, необходимых для многих биохимических исследований, особенно в структурной биологии и проектах по структурной геномике. Инструмент доступен бесплатно через веб-интерфейс (http://dis.embl.de); его также можно скачать для крупномасштабных исследований.