X-tile: новый биоинформатический инструмент для оценки биомаркеров и оптимизации пороговых значений на основе исходов

Возможность разделять опухоли на подгруппы по экспрессии биомаркеров имеет множество клинических применений, однако универсального способа визуализировать оптимальные пороговые значения для такого разделения не существует. Мы разработали графический метод — график X-tile, который показывает наличие значимых подгрупп опухолей и позволяет оценить устойчивость связи между биомаркером и исходом за счет построения двумерной проекции всех возможных подгрупп. Мы валидировали графики X-tile, изучив экспрессию нескольких известных прогностических маркеров (рецептор эпидермального фактора роста 2 человека, рецептор эстрогена, экспрессия p53, возраст пациента, размер опухоли и число пораженных лимфатических узлов) в когортах пациентов с раком молочной железы и показали, что графики X-tile для каждого маркера позволяют выделять подгруппы популяции, соответствующие известной биологии их экспрессии.