Определение числа кластеров особей с помощью программы STRUCTURE: имитационное исследование

Выявление генетически однородных групп особей — давняя проблема популяционной генетики. Недавно разработанный байесовский алгоритм, реализованный в программе STRUCTURE, позволяет выявлять такие группы. Однако способность этого алгоритма определять истинное число кластеров (K) в выборке особей при неоднородном характере расселения между популяциями ранее не оценивалась. Цель настоящего исследования — провести такую оценку для различных сценариев расселения, используя данные, сгенерированные с помощью индивидуально-ориентированной модели. Мы обнаружили, что в большинстве случаев оценка «логарифма вероятности данных» не позволяет правильно определить число кластеров K. Однако при использовании специального статистического показателя ΔK, основанного на скорости изменения логарифма вероятности данных при переходе между последовательными значениями K, программа STRUCTURE точно выявляла наиболее высокий иерархический уровень генетической структуры в исследованных сценариях. Как и ожидалось, результаты зависели от типа генетического маркера (AFLP или микросателлиты), числа исследованных локусов, числа обследованных популяций и количества типированных особей в каждой выборке.