Greengenes: база данных генов 16S рРНК с проверкой на химерность и рабочая среда, совместимая с ARB

База данных генов 16S рРНК (http://greengenes.lbl.gov) устраняет ряд ограничений публичных репозиториев, обеспечивая проверку на химерность, стандартное выравнивание и таксономическую классификацию с использованием нескольких опубликованных систем. Выявлена несогласованность таксономической номенклатуры между кураторами даже на уровне типа. Предполагаемые химерные последовательности обнаружены в 3% последовательностей из окружающей среды и в 0,2% записей, полученных от изолятов. Последовательности из окружающей среды были распределены по 100 линиям уровня типа среди архей и бактерий.