Структурный анализ гликопротеинового аллергена Art v II из пыльцы полыни обыкновенной (Artemisia vulgaris L.)

Гликопротеиновый аллерген Art v II из пыльцы полыни обыкновенной (Artemisia vulgaris L.) обработали пептид-N-гликозидазой F (PNGase F), чтобы отделить N-связанные с аспарагином олигосахариды. Олигосахариды выделили методом гель-проникающей хроматографии, а их структуру определили с помощью спектроскопии ЯМР на ядрах 1H с частотой 500 МГц, масс-спектрометрии с бомбардировкой быстрыми атомами и анионообменной хроматографии при высоком pH. Олигосахариды с высоким содержанием маннозы Man5GlcNAc2, Man6GlcNAc2, Man7GlcNAc2, Man8GlcNAc2 и Man9GlcNAc2 присутствовали в соотношении 2:49:19:24:6 и составляли все N-связанные олигосахариды, отделённые от Art v II с помощью PNGase F. Определили аминоконцевые последовательности Art v II и четырёх пептидов, полученных при расщеплении дегликозилированного Art v II цианогенбромидом (CNBr). В первых 30 аминокислотных остатках Art v II потенциальных сайтов N-гликозилирования не было. В одном из фрагментов CNBr выявили один потенциальный сайт N-гликозилирования. По данным ингибирующих иммуноферментных анализов, нативная конформация белка необходима для связывания кроличьего IgG с Art v II и человеческого IgE с основными эпитопами этого аллергена, связывающими IgE. Как минимум один минорный эпитоп сохранял способность связывать IgE после денатурации аллергена. Удаление высокоманнозных цепей из денатурированного Art v II не оказывало значимого влияния на связывание человеческого IgE с минорными эпитопами.