Количественная масс-спектрометрия в протеомике: критический обзор

Количественная оценка различий между двумя или более физиологическими состояниями биологической системы относится к числу наиболее важных, но и наиболее сложных технических задач протеомики. Помимо классических методов дифференциального окрашивания белков в гелях или на блотах красителями и флуорофорами, за последние пять лет всё большую популярность приобрели методы количественной оценки на основе масс-спектрометрии. В большинстве этих методов используют дифференциальное мечение стабильными изотопами, создающее специфическую массовую метку, которую распознаёт масс-спектрометр и которая одновременно служит основой для количественной оценки. Такие массовые метки можно вводить в белки или пептиды: (i) метаболически, (ii) химическим способом, (iii) ферментативно или (iv) за счёт добавления синтетических пептидных стандартов. В отличие от них, безметочные методы количественной оценки направлены на непосредственное установление относительного или абсолютного количества белка по сигналу масс-спектрометра от интактных пептидов, образовавшихся при протеолизе, либо по числу событий секвенирования пептидов. В настоящем обзоре критически рассматриваются наиболее распространённые методы количественной масс-спектрометрии с оценкой их индивидуальных преимуществ и обсуждаются сложности содержательной интерпретации данных количественной протеомики.