BEAST: байесовский эволюционный анализ методом выборки деревьев

Введение: Эволюционный анализ вариабельности молекулярных последовательностей представляет собой статистическое исследование. Это отражается в более широком применении вероятностных моделей для филогенетического анализа, множественного выравнивания последовательностей и молекулярной популяционной генетики. Мы представляем BEAST — быструю и гибкую программную архитектуру для байесовского анализа молекулярных последовательностей, связанных эволюционным деревом. В ней реализовано большое число распространённых стохастических моделей эволюции последовательностей, а также древовидные модели, подходящие для анализа последовательностей как внутри-, так и между видами.

Результаты: Версия BEAST 1.4.6 включает 81 000 строк исходного кода на Java, 779 классов и 81 пакет. Она поддерживает модели эволюции последовательностей ДНК и белков, коалесцентный анализ с большим числом параметров, филогенетический анализ с релаксированными молекулярными часами, неодновременные последовательности, статистическое выравнивание и широкий спектр априорных распределений. Исходный код BEAST имеет объектно-ориентированную модульную структуру и свободно доступен по адресу http://beast-mcmc.googlecode.com/ на условиях лицензии GNU LGPL.

Выводы: BEAST представляет собой мощный и гибкий пакет для эволюционного анализа вариабельности молекулярных последовательностей. Он также служит основой для дальнейшей разработки новых моделей и статистических методов эволюционного анализа.