Сервер RAST: быстрая аннотация на основе технологии подсистем

Введение: Число доступных последовательностей геномов прокариот постоянно увеличивается, причём быстрее, чем наши возможности по их точной аннотации.

Описание: Мы описываем полностью автоматизированный сервис аннотации геномов бактерий и архей. Сервис выявляет гены, кодирующие белки, а также гены рРНК и тРНК, определяет функции генов, прогнозирует представленные в геноме подсистемы, использует эту информацию для реконструкции метаболической сети и предоставляет пользователю возможность легко скачать результаты. Кроме того, аннотированный геном можно просматривать в среде, поддерживающей сравнительный анализ с аннотированными геномами, хранящимися в среде SEED. Обычно сервис делает аннотированный геном доступным через 12–24 часа после загрузки, однако в конечном счёте качество такой системы должно оцениваться по точности, согласованности и полноте полученных аннотаций. Мы обобщаем предпринятые попытки решить эти задачи и обсуждаем планы по поэтапному совершенствованию сервиса.

Выводы: Благодаря бесплатной и быстрой аннотации с высокой точностью мы создали важный ресурс для научного сообщества. На данный момент сервисом воспользовались более 120 внешних пользователей, аннотировавших свыше 350 различных геномов.