Проект «Живое дерево всех видов»: филогенетическое дерево на основе 16S рРНК, включающее все секвенированные типовые штаммы

Авторы настоящей статьи совместно с журналом Systematic and Applied Microbiology (SAM) начали амбициозный проект, призванный стать полезным инструментом прежде всего для сообщества специалистов по микробной систематике. Цель проекта, названного «Живое дерево всех видов», — реконструировать единое филогенетическое дерево на основе 16S рРНК, включающее все секвенированные типовые штаммы архей и бактерий, относящихся к видам, классифицированным к настоящему времени. Дерево планируется регулярно обновлять, добавляя виды с валидно опубликованными названиями, которые ежемесячно появляются в списках валидации и уведомлений Международного журнала систематической и эволюционной микробиологии. Для этого редакторы SAM совместно с командами проектов ARB, SILVA и LPSN (www.arb-home.de, www.arb-silva.de и www.bacterio.cict.fr соответственно) подготовили базу данных 16S рРНК, содержащую более 6700 последовательностей. Каждая последовательность представляет один типовой штамм классифицированного вида по состоянию на 31 декабря 2007 года. Последовательности пришлось отбирать вручную из-за высокой частоты ошибок в названиях и информационных полях общедоступных записей. Кроме того, из нескольких часто встречавшихся записей одного типового штамма для проекта выбирали последовательность наилучшего качества. В предоставляемую SAM базу данных «Живого дерева» вошли исправленные записи и последовательности наилучшего качества с выравниванием, проверенным вручную. Дерево реконструировали с помощью алгоритма максимального правдоподобия RAxML. Дерево, представленное в первом выпуске, построено по единому набору из 9975 записей: 6728 последовательностей генов типовых штаммов и 3247 дополнительных высококачественных последовательностей, повышающих надежность реконструкции. Деревья — динамические структуры, которые меняются в зависимости от качества и доступности данных, использованных для их построения. Поэтому добавление новых последовательностей типовых штаммов в последующих выпусках может помочь уточнить порядок ветвления в тех случаях, которые в первой версии остаются неоднозначными. На сайтах www.elsevier.de/syapm и www.arb-silva.de/living-tree команда проекта будет публиковать регулярно обновляемую базу данных, совместимую со средой программного обеспечения ARB и содержащую полный набор последовательностей 16S рРНК, использованный для построения «Живого дерева всех видов». Там же будет представлена последняя версия реконструированной филогении. Помимо файла ARB, для тех, кто не пользуется этой программой, будет доступен читаемый файл в формате multi-FASTA для универсального редактора последовательностей с полным выравниванием. Также опубликован полный комплект дополнительных таблиц и рисунков, иллюстрирующих процедуру отбора и её результаты. Ожидается, что «Живое дерево всех видов» поможет улучшить будущую классификацию, упростив выбор правильных последовательностей типовых штаммов. Для вопросов, обновления информации и замечаний к набору данных или реконструкциям дерева создан адрес электронной почты: living-tree@arb-silva.de. Он позволит всем представителям научного сообщества вносить дополнительный вклад в построение и совершенствование первого дерева, объединяющего все секвенированные типовые штаммы всех видов прокариот с валидно опубликованными названиями.