Амплификация рибосомальной ДНК 16S для филогенетического исследования

Описан набор олигонуклеотидных праймеров, способных инициировать ферментативную амплификацию (полимеразную цепную реакцию) в широком филогенетическом и таксономическом диапазоне бактерий, а также методы их использования и примеры. Одна пара праймеров позволяет амплифицировать почти полноразмерную рибосомальную ДНК 16S (rDNA) у многих бактериальных родов; дополнительные праймеры полезны для различных атипичных последовательностей. Приведены методы очистки амплифицированного материала, прямого секвенирования, клонирования, секвенирования и транскрипции. В качестве примера использован облигатный внутриклеточный паразит эритроцитов крупного рогатого скота Anaplasma marginale; его 16S rDNA была амплифицирована, клонирована, секвенирована и помещена в филогенетический контекст. Анаплазмы родственно связаны с родами Rickettsia и Ehrlichia. Кроме того, 16S rDNA нескольких видов были легко амплифицированы из материала, полученного из лиофилизированных ампул Американской коллекции типовых культур. С помощью этого метода филогенетическое исследование крайне требовательных к условиям культивирования или высокопатогенных бактериальных видов можно проводить без необходимости их выращивания. В теории любой участок гена, для которого возможно сконструировать праймеры для полимеразной цепной реакции, можно получить из легко доступной лиофилизированной бактериальной культуры.