MassBank: общедоступный репозиторий масс-спектральных данных для наук о жизни

MassBank — первый общедоступный репозиторий масс-спектров малых химических соединений для наук о жизни (<3000 Da). В базе данных представлены 605 масс-спектров, полученных методом масс-спектрометрии с электронной ионизацией (EI-MS), 137 масс-спектров, полученных методом масс-спектрометрии с бомбардировкой быстрыми атомами, и 9276 данных масс-спектрометрии с ионизацией электрораспылением (ESI-MS(n)) для 2337 аутентичных соединений метаболитов; 11 545 данных EI-MS и 834 данных других методов масс-спектрометрии для 10 286 летучих природных и синтетических соединений; а также 3045 данных ESI-MS(2) для 679 синтетических лекарственных средств. Эти данные были предоставлены 16 исследовательскими группами (январь 2010 года). Данные ESI-MS(2) анализировали в независимых нестандартизированных экспериментальных условиях. MassBank представляет собой распределённую базу данных. Каждая исследовательская группа предоставляет данные со своих серверов MassBank, распределённых в интернете. Пользователи MassBank могут получить доступ ко всем данным базы или к их части, указав одно или несколько экспериментальных условий. При спектральном поиске масс-спектров, сходных с заданным масс-спектром, оценку сходства рассчитывают с помощью взвешенной косинусной корреляции; показатели степени при интенсивности пиков и отношении массы к заряду оптимизированы для данных ESI-MS(2). Для каждого соединения MassBank также предоставляет объединённый спектр, сформированный путём объединения проанализированных данных ESI-MS(2) для одного и того же соединения, полученных при разных условиях диссоциации, индуцированной столкновениями. Объединение данных значительно повысило точность идентификации химических соединений — на 21–23% при оценке сходства 0,6. Таким образом, MassBank полезен для идентификации химических соединений и публикации экспериментальных данных.