Генетическая модификация Vibrio cholerae посредством сочетания естественной трансформации и рекомбинации FLP

Несмотря на то что Vibrio cholerae — хорошо известный патоген человека, он также является обычным обитателем водных экосистем. В этой среде он часто образует биоплёнки на содержащем хитин наружном скелете ракообразных и их сброшенных покровах. Хитин служит не только источником питательных веществ, но и индуцирует программу развития, называемую естественной компетентностью. Бактерии, обладающие естественной компетентностью, поглощают свободную ДНК и встраивают её в свой геном посредством гомологичной рекомбинации, в результате чего подвергаются естественной трансформации. В настоящем исследовании мы использовали сведения об экологическом образе жизни V. cholerae для генетической модификации его генома. Для этого сочетали методы индуцированной хитином естественной трансформации и рекомбинации FLP. С помощью такого подхода инактивировали несколько генов, встраивая кассеты устойчивости к антибиотикам, окаймлённые сайтами FRT. Впоследствии кассеты удаляли после индукции FLP-рекомбиназы, действующей на сайты FRT. Этот метод представляет собой упрощённую и более быструю альтернативу стандартным методам делеции генов, которые часто зависят от бактериальной конъюгации и наличия суицидных векторов.