BoneJ: свободный и расширяемый инструмент для анализа изображений костной ткани в ImageJ

Геометрию кости обычно измеряют на изображениях, полученных с помощью компьютерной томографии (КТ) и рентгеновской микротомографии (μCT). Мы получили сотни изображений костей разных видов при КТ, μCT и синхротронной μCT, которые нужно было анализировать удалённо от сканирующего оборудования, но обнаружили, что существующие программные решения слишком дороги, негибки или методологически непрозрачны. Мы реализовали стандартные измерения костной ткани в новом плагине ImageJ — BoneJ, с помощью которого анализировали трабекулярную кость, кости целиком и лакуны остеоцитов. BoneJ имеет открытый исходный код и бесплатно доступен для загрузки, использования, модификации и распространения.