Унификация номенклатуры штаммов ротавируса, предложенная Рабочей группой по классификации ротавирусов (RCWG)

В апреле 2008 года была разработана система классификации полного генома ротавирусов группы A на основе нуклеотидных последовательностей. Согласно этой системе каждому из 11 сегментов генома конкретного штамма ротавируса присваивают генотип в соответствии с установленными пороговыми значениями доли совпадающих нуклеотидов. В результате геном каждого штамма ротавируса получает полное обозначение вида Gx-P[x]-Ix-Rx-Cx-Mx-Ax-Nx-Tx-Ex-Hx. Учёные, работающие в этой области, создали Рабочую группу по классификации ротавирусов (RCWG), чтобы поддерживать, оценивать и развивать систему классификации генотипов ротавируса, в частности содействовать присвоению обозначений новым генотипам. С момента создания группа утвердила 51 новый генотип: к апрелю 2011 года у штаммов ротавируса, выделенных от людей, коров, свиней, лошадей, мышей, южноамериканских верблюдовых (гуанако), кур, индеек, фазанов, летучих мышей и сахарных поссумов, были определены новые генотипы VP7 (G20–G27), VP4 (P[28]–P[35]), VP6 (I12–I16), VP1 (R5–R9), VP2 (C6–C9), VP3 (M7–M8), NSP1 (A15–A16), NSP2 (N6–N9), NSP3 (T8–T12), NSP4 (E12–E14) и NSP5/6 (H7–H11). По мере накопления полных последовательностей генома ротавируса возникает необходимость в стандартизированной системе номенклатуры штаммов. RCWG предлагает указывать в названии каждого штамма группу ротавируса, вид организма-хозяина, страну выявления, общепринятое название, год выявления и G- и P-типы. Совместно с Национальным центром биотехнологической информации (NCBI) RCWG также разрабатывает специализированный ресурс для размещения нуклеотидных последовательностей ротавирусов. В нём будут представлены полезные сведения о штаммах, в том числе генотипы отдельных генов, а также эпидемиологическая и клиническая информация. Предлагаемая система номенклатуры и ресурс NCBI станут полезными инструментами для поиска, извлечения и анализа постоянно растущего массива геномных данных ротавирусов.