Создание онлайн-инструмента для полногеномной валидации биомаркеров, связанных с выживаемостью, при раке яичников на основе микрочиповых данных 1287 пациенток

Валидация прогностических биомаркеров в крупных независимых когортах пациентов представляет собой серьёзное препятствие для развития исследований рака яичников. Мы создали онлайн-инструмент для оценки прогностической значимости уровней экспрессии всех генов, количественно определяемых с помощью микрочипов, у пациенток с раком яичников. Сначала была сформирована база данных, включавшая сведения об экспрессии генов и выживаемости 1287 пациенток с раком яичников, полученные из баз данных Gene Expression Omnibus и The Cancer Genome Atlas (микрочипы Affymetrix HG-U133A, HG-U133A 2.0 и HG-U133 Plus 2.0). После контроля качества и нормализации были сохранены только зонды, присутствовавшие на всех трёх платформах Affymetrix (n=22 277). Для анализа прогностической значимости выбранного гена пациенток разделяли на две группы в соответствии с различными порогами, заданными квантилями экспрессии этого гена. Затем группы сравнивали по выживаемости без прогрессирования (n=1090) или общей выживаемости (n=1287). Строили кривые выживаемости Каплана—Мейера и рассчитывали статистическую значимость. Инструмент доступен онлайн по адресу www.kmplot.com/ovar. С помощью этого интегративного инструмента анализа данных мы оценили прогностическую значимость 37 биомаркеров, описанных в литературе. Из них с выживаемостью были связаны CA125 (MUC16; P=3,7×10⁻⁵, отношение рисков (HR)=1,4), CDKN1B (P=5,4×10⁻⁵, HR=1,4), KLK6 (P=0,002, HR=0,79), IFNG (P=0,004, HR=0,81), P16 (P=0,02, HR=0,66) и BIRC5 (P=0,00017, HR=0,75). Объединение нескольких наборов зондов может дополнительно повысить эффективность прогноза. Таким образом, мы разработали универсальную онлайн-платформу для валидации биомаркеров, использующую все доступные микрочиповые данные для оценки прогностической значимости 22 277 генов у 1287 пациенток с раком яичников. С помощью этого инструмента мы также оценили влияние 37 ранее опубликованных биомаркеров на прогноз при раке яичников.