Выявление приобретённых генов устойчивости к противомикробным препаратам

Цель: Выявление генов устойчивости к противомикробным препаратам важно для понимания лежащих в основе механизмов и эпидемиологии устойчивости к противомикробным препаратам. По мере снижения стоимости полногеномного секвенирования (WGS) этот метод становится всё более доступным в диагностических лабораториях и, как ожидается, заменит традиционные методы выявления генов устойчивости. Поэтому актуальная задача заключается в извлечении необходимой информации из больших объёмов получаемых данных.

Методы: Мы разработали веб-инструмент ResFinder, использующий BLAST для выявления приобретённых генов устойчивости к противомикробным препаратам по полногеномным данным. В качестве входных данных инструмент может использовать полностью или частично собранные геномы, а также короткие прочтения последовательностей, полученные на четырёх различных платформах секвенирования. Инструмент оценивали на 1862 файлах GenBank, содержащих 1411 различных генов устойчивости, а также на 23 изолятах, секвенированных de novo.

Результаты: При анализе 1862 файлов GenBank инструмент выявил гены устойчивости с идентичностью 100% генам, представленным в ResFinder. При последующей оценке на 23 изолятах пяти видов бактерий, для которых были доступны данные о фенотипе, обнаружено соответствие между прогнозами in silico и результатами фенотипического тестирования. Кроме того, ResFinder оценили на полных геномах и плазмидах 30 изолятов. У семи из них в аннотациях была указана устойчивость к противомикробным препаратам; во всех случаях эти аннотации соответствовали результатам ResFinder.

Выводы: Создан веб-сервер, обеспечивающий удобное выявление приобретённых генов устойчивости к противомикробным препаратам у полностью секвенированных изолятов. Доступ к ResFinder осуществляется по адресу www.genomicepidemiology.org. По мере выявления новых генов устойчивости база ResFinder будет регулярно обновляться.