MITOS: улучшенная аннотация митохондриальных геномов многоклеточных животных de novo

В базе данных NCBI RefSeq доступны около 2000 полностью секвенированных митохондриальных геномов с аннотациями белок-кодирующих генов, рРНК и тРНК, выполненными вручную. Эти аннотации, накапливавшиеся в течение двух десятилетий, были получены с использованием разнообразных вычислительных инструментов и стратегий аннотирования. Несмотря на все усилия по ручной проверке, в них по-прежнему встречаются ошибки в определении направления считывания, неправильные названия генов, а также пропущенные и ложноположительные аннотации, особенно для генов РНК. В совокупности это создаёт существенные проблемы для полностью автоматических конвейеров, предназначенных для комплексного использования этих данных в исследованиях филогении животных и молекулярной эволюции митохондриальных геномов. Конвейер MITOS предназначен для получения согласованной аннотации последовательностей митохондриальных геномов de novo. Показано, что результаты MITOS сопоставимы с RefSeq и MitoZoa по полноте и качеству аннотации. При этом MITOS позволяет избежать систематических смещений, несогласованности номенклатуры и опечаток, возникающих при ручном аннотировании. Конвейер MITOS доступен онлайн по адресу http://mitos.bioinf.uni-leipzig.de.