Научная статья

Оптимизация параметров полуэмпирических методов. VI. Дополнительные модификации приближений NDDO и повторная оптимизация параметров

Optimization of parameters for semiempirical methods VI: more modifications to the NDDO approximations and re-optimization of parameters

Journal of Molecular Modeling
10.1007/s00894-012-1667-x
Полный текст Открыть в журнале PubMed PMC
FWCI: 31.1FWCI — Field-Weighted Citation Impact (индекс цитируемости с поправкой на область науки). 1.0 = среднее, > 1 = выше среднего · Процитировано: 1909 · Ссылки: 58 · Лицензия: Неизвестна
Цитирование по годам: 2026: 114 · 2025: 167 · 2024: 160 · 2023: 199 · 2022: 217

Аннотация

Современные полуэмпирические методы обеспечивают достаточную точность при моделировании молекул того же типа, что и молекулы, использованные в качестве эталонных данных при параметризации. Однако за пределами этой подгруппы многочисленные данные свидетельствуют об очень ограниченной применимости таких методов. Чтобы расширить область их применения, был разработан новый метод PM7. Его параметризовали с использованием экспериментальных и высокоуровневых расчётных данных ab initio, дополнив их новым типом эталонных данных, призванным точнее задать структуру пространства параметров. Метод оценивали, моделируя кристаллические структуры и энтальпии образования твёрдых веществ. В набор приближений внесли два изменения: одно — для улучшения описания нековалентных взаимодействий, ещё два небольших исправления устранили ошибки в формализме NDDO. По сравнению с PM6 в PM7 снизились средние абсолютные ошибки геометрических параметров и ΔHf. Для простых органических систем в газовой фазе средняя абсолютная ошибка длины связи уменьшилась примерно на 5%, а ΔHf — примерно на 10%; для органических твёрдых веществ ошибка ΔHf снизилась на 60%, а ошибка геометрических параметров — на 33,3%. Для расчёта высоты энергетических барьеров разработан двухэтапный процесс PM7-TS. С его помощью средняя абсолютная ошибка высоты барьера для простых органических реакций снизилась с 12,6 ккал/моль при использовании PM6 и 10,8 ккал/моль при использовании PM7 до 3,8 ккал/моль. Анализ причин ошибок методов NDDO показал, что они связаны с недостаточностью и неточностью эталонных данных. Этот вывод помогает понять, как можно усовершенствовать такие методы.

Переведем эту статью за 1 час

Загрузите PDF, а мы сделаем полный перевод, краткий конспект и красивую инфографику.

Попробовать бесплатно →

Также в Подтеме: еженедельные литобзоры, база международных клинреков и конспекты свежих мед. статей и подкастов каждый день.