Микробиом полости рта в норме и при заболеваниях

В полости рта человека обитает один из наиболее разнообразных микробиомов организма, включающий вирусы, грибы, простейших, архей и бактерий. Бактерии вызывают два наиболее распространённых бактериальных заболевания человека: кариес зубов и заболевания пародонта. Археи представлены небольшим числом видов-метаногенов, тогда как выявлено около 1000 видов бактерий — представителей типов Actinobacteria, Bacteroidetes, Firmicutes, Proteobacteria, Spirochaetes, Synergistetes и Tenericutes, а также некультивируемых подразделений GN02, SR1 и TM7. Около половины бактерий полости рта пока не удалось культивировать, однако независимые от культивирования методы успешно применяются для всестороннего описания бактериального сообщества полости рта. База данных микробиома полости рта человека (HOMD, www.homd.org) представляет собой комплексный ресурс, содержащий сведения о таксонах бактерий полости рта, инструмент идентификации по 16S рРНК и хранилище последовательностей геномов бактерий полости рта. Микробиом полости рта каждого человека обладает высокой видовой специфичностью, хотя в целом между микробиомами людей из разных географических регионов выявляется мало различий. Несмотря на то что кариес и пародонтит являются очевидными бактериальными заболеваниями, в классическом смысле их нельзя считать инфекционными, поскольку они возникают в результате сложного взаимодействия комменсальной микробиоты, восприимчивости организма хозяина и факторов окружающей среды, таких как питание и курение. Пародонтит, в частности, по-видимому, обусловлен неадекватной воспалительной реакцией на нормальную микробиоту, усугубляемой присутствием некоторых видов бактерий, ассоциированных с заболеванием. С функциональной точки зрения микробиота полости рта, по-видимому, характеризуется значительной избыточностью, поэтому для полного понимания взаимодействия организма хозяина и микробиома может потребоваться изучение прежде всего функционального, а не филогенетического разнообразия.