Взаимодействие генов и факторов окружающей среды при отдельных вариантах генов MTHFR, MTR и CBS и его связь с уровнем гомоцистеина у чернокожих южноафриканцев

Гены метилентетрагидрофолатредуктазы (MTHFR), цистатионин-β-синтазы (CBS) и метионинсинтазы (MTR) взаимодействуют друг с другом и с факторами окружающей среды. Эти взаимодействия могут влиять на уровень гомоцистеина (Hcy) и связанные с ним заболевания. Чтобы изучить причины высокой распространённости заболеваний, ассоциированных с Hcy, у чернокожих жителей Южной Африки определили однонуклеотидные полиморфизмы (SNP) этих генов, их взаимосвязи и взаимодействие с концентрацией общего Hcy. Генотипы MTHFR 677 TT и MTR 2756 AA были связаны с более высокими концентрациями Hcy (16,6 и 10,1 мкмоль/л; p<0,05), чем генотипы MTHFR 677 CT и CC и MTR 2756 AG (10,5, 9,7 и 9,5 мкмоль/л соответственно). Изученные генотипы CBS не влияли на уровень Hcy. Выявлено взаимодействие места проживания с генотипом CBS T833C/844ins68 (p=0,005): у носителей аллеля дикого типа концентрация Hcy была значительно выше у сельских жителей, чем у городских, тогда как у носителей вариантного аллеля место проживания на неё не влияло. Также выявлены взаимодействия генотипов CBS T833C/844ins68 и G9276A с генотипом MTHFR C677T (p=0,003 и p=0,004 соответственно) в отношении уровня Hcy. Более высокие концентрации Hcy отмечались у носителей генотипа MTHFR 677 TT в сочетании с генотипом CBS 833 TT/гомозиготным вариантом без вставки 844, а также у носителей MTHFR 677 TT в сочетании с CBS 9276 GA/GG. Таким образом, некоторые из изученных генотипов влияли на уровень Hcy; место проживания изменяло связь между SNP CBS T833C/844ins68 и концентрацией Hcy, что подчёркивает значение факторов окружающей среды; взаимодействия генов указывают на эпистатические эффекты.