Компьютерное прогнозирование белок-белковых взаимодействий в макрофагах человека

Введение: Анализ сетей белок-белковых взаимодействий (ББВ) имеет большое значение для расшифровки и понимания сложной организации клеточных функций. Однако большинство доступных сетей белок-белковых взаимодействий не учитывает контекст, то есть пространственные, временные и физиологические условия, в которых могут происходить взаимодействия. В этой работе предложен протокол для построения наиболее вероятной сети белок-белковых взаимодействий в макрофагах человека.

Результаты: Для построения контекстуализированного макрофагоспецифичного интерактома мы объединили данные о ББВ из Agile Protein Interaction DataAnalyzer (APID) с различными метаданными и применили комплекс статистических методов. Полученный интерактом обогащён экспериментально подтверждёнными взаимодействиями и белками, участвующими в биологических процессах, связанных с функциями макрофагов, включая активацию иммунного ответа и регуляцию апоптоза. В качестве примера применения контекстуализированного интерактома мы использовали его для выявления клеточных процессов, запускаемых при инфицировании Mycobacterium tuberculosis.

Выводы: Наши результаты подтверждают, что контекстуализация интерактомов повышает биологическую значимость биоинформатического анализа. В частности, изучение такой реконструированной сети, а не только уровня экспрессии генов, позволяет получить информацию о процессах, участвующих в ответе хозяина. Важные характеристики иммунного ответа, такие как апоптоз, выявляются только при анализе на уровне белковых взаимодействий.