Trimmomatic: гибкий инструмент обрезки данных секвенирования Illumina

Обоснование: Хотя уже существовало множество инструментов предварительной обработки прочтений, полученных методом секвенирования нового поколения (NGS), нам не удалось найти инструмент или их комбинацию, которые отвечали бы нашим требованиям к гибкости, корректной обработке парноконцевых данных и высокой производительности. Мы разработали Trimmomatic как более гибкий и эффективный инструмент предварительной обработки, обеспечивающий корректную работу с парноконцевыми данными.

Результаты: Ценность предварительной обработки прочтений NGS продемонстрирована для задач как с опорой на референсную последовательность, так и без неё. Во всех протестированных сценариях результаты работы Trimmomatic были как минимум сопоставимы с результатами других инструментов, а во многих случаях превосходили их.

Доступность и реализация: Trimmomatic распространяется по лицензии GPL V3. Инструмент является кроссплатформенным (требуется Java 1.5 или более поздней версии) и доступен по адресу: http://www.usadellab.org/cms/index.php?page=trimmomatic

Контактная информация: usadel@bio1.rwth-aachen.de

Дополнительная информация: дополнительные данные доступны онлайн в журнале Bioinformatics.