Сравнение методов SYBR Green и TaqMan при количественном анализе экспрессии четырёх подтипов аденозиновых рецепторов методом ПЦР в реальном времени

Введение: ПЦР в реальном времени сочетает высокую чувствительность ПЦР с возможностью мониторинга реакции в реальном времени. Для количественного анализа экспрессии генов наиболее широко применяют два метода — SYBR Green и TaqMan. Метод SYBR Green относительно экономичен и прост в использовании; он основан на связывании флуоресцентного красителя с двухцепочечной ДНК. Метод TaqMan более дорогостоящий и использует двукратно меченый олигонуклеотид и экзонуклеазную активность фермента Taq-полимеразы. Специфичность представляет собой основную проблему при использовании неспецифических красителей, связывающихся с двухцепочечной ДНК, таких как SYBR Green, тогда как меченые олигонуклеотиды, применяемые в методе TaqMan, обеспечивают более высокую специфичность. В настоящем исследовании сравнили два распространённых метода ПЦР в реальном времени — TaqMan и SYBR Green — для определения профиля экспрессии аденозиновых рецепторов.

Материалы и методы: Профили экспрессии генов аденозиновых рецепторов A1, A2A, A2B и A3 в тканях рака молочной железы анализировали с помощью оптимизированных методов количественной ПЦР в реальном времени SYBR Green и TaqMan. Первичные данные об экспрессии нормировали по референсному гену β-актина.

Результаты: Эффективность обоих методов — TaqMan и SYBR Green — для всех генов превышала 95%. Между средними значениями нормированных данных, полученных для каждого гена двумя методами, выявлена положительная статистически значимая корреляция (p < 0,05).

Выводы: При использовании высокоэффективных праймеров и надлежащих протоколов и материалов метод SYBR Green позволяет получать точные данные, сопоставимые с результатами метода TaqMan. Таким образом, после оптимизации метода SYBR Green его эффективность и качество могут быть сравнимы с методом TaqMan.