Определение обобщённых винтовых параметров и кривизны оси нерегулярных нуклеиновых кислот

Представлен алгоритм строгого винтового описания нерегулярного участка нуклеиновой кислоты. Основу этого подхода составляет определение функции, одновременно описывающей кривизну исследуемого участка нуклеиновой кислоты и соответствующее пошаговое изменение винтовых параметров вдоль него. Минимизация этой функции позволяет оптимально распределить конформационную неоднородность участка между этими двумя компонентами. Показано также, что данный подход с одинаковой лёгкостью применим к одноцепочечным и двуцепочечным нуклеиновым кислотам. Результаты анализа позволяют определить как абсолютные винтовые параметры отдельных оснований и пар оснований, так и относительные винтовые параметры между последовательными основаниями и парами оснований, а также общую траекторию винтовой оси. Возможности этого математического подхода продемонстрированы с помощью компьютерной программы «Curves», применённой для изучения ряда различных структур нуклеиновых кислот.