Hyb-Seq: сочетание обогащения целевых последовательностей и низкопокровного секвенирования генома для филогеномики растений

Предпосылки исследования: Hyb-Seq — сочетание обогащения целевых последовательностей и низкопокровного секвенирования генома — позволяет одновременно получать данные о генах ядерного генома с низким числом копий и высококопийных геномных мишенях для изучения систематики и эволюции растений.

Методы и результаты: На основе сборок генома и транскриптома ваточника сирийского (Asclepias syriaca) разработали зонды для обогащения 3385 экзонов 768 генов (более 1,6 млн пар оснований), после чего провели секвенирование обогащённых библиотек на платформе Illumina. При применении Hyb-Seq к 12 образцам — 10 видам рода Asclepias и двум представителям родственных родов — удалось собрать хотя бы часть 92,6% экзонов и 99,7% генов; средняя длина сборки превышала 2 млн пар оснований. Важно, что из внецелевых прочтений удалось собрать полные пластомы и цистроны ядерной рибосомной ДНК. Филогеномный анализ выявил конфликт филогенетических сигналов между геномами.

Выводы: Метод Hyb-Seq позволяет целенаправленно секвенировать тысячи экзонов ядерных генов с низким числом копий и прилегающие к ним участки, а также проводить низкопокровное секвенирование высококопийных повторов и органелльных геномов. Это обеспечивает эффективное получение данных геномного масштаба для филогеномных исследований.