Rhizobium metallidurans sp. nov. — симбиотическая бактерия, устойчивая к тяжёлым металлам, выделенная из гипераккумулятора цинка Anthyllis vulneraria

Из 56 проростков бобового растения Anthyllis vulneraria, гипераккумулятора цинка, произраставшего на территории заброшенного цинкового рудника в Ле-Авиньер, Сен-Лоран-ле-Минье, департамент Гар, на юге Франции, был выделен грамотрицательный аэробный палочковидный неспорообразующий штамм бактерии ChimEc512(T). По степени сходства последовательностей гена 16S рРНК штамм отнесён к роду Rhizobium; ближайшими родственными видами оказались Rhizobium endophyticum CCGE 2052(T) (98,4%), Rhizobium tibeticum CCBAU 85039(T) (98,1%), Rhizobium grahamii CCGE 502(T) (98,0%) и Rhizobium mesoamericanum CCGE 501(T) (98,0%). Филогенетическое положение ChimEc512(T) подтвердили секвенирование и анализ генов recA и atpD. Степень ДНК-ДНК-родства штамма ChimEc512(T) с R. endophyticum CCGE 2052(T), R. tibeticum CCBAU 85039(T), R. mesoamericanum CCGE 52(T), Rhizobium grahamii CCGE 502(T), Rhizobium etli CCBAU 85039(T) и Rhizobium radiobacter KL09-16-8-2(T) составила соответственно 27, 22, 16, 18, 19 и 11%. Содержание Г+Ц в ДНК штамма ChimEc512(T) составляло 58,9 мол.%. Основной клеточной жирной кислотой была C18:1ω7c, характерная для рода Rhizobium. В состав полярных липидов входили фосфатидилэтаноламин, фосфатидилмонометилэтаноламин, фосфатидилглицерин и фосфатидилхолин, а также умеренные количества аминолипидов, фосфолипида и сульфохиновозилдиацилглицерина. Штамм ChimEc512(T) образовывал клубеньки на A. vulneraria, однако гены nodC и nifH методом ПЦР обнаружить не удалось. Штамм был устойчив к высоким концентрациям тяжёлых металлов: до 35 мМ Zn и до 0,5 мМ Cd; присутствие Zn не влияло на динамику его роста. Результаты ДНК-ДНК-гибридизации и физиологических тестов позволили генотипически и фенотипически отличить штамм ChimEc512(T) от видов рода Rhizobium с валидно опубликованными названиями. Таким образом, штамм ChimEc512(T) представляет новый вид, для которого предложено название Rhizobium metallidurans sp. nov.; типовой штамм — ChimEc512(T) (=DSM 26575 = CIP 110550(T)).