Предсказание эффективных сайтов связывания микроРНК в мРНК млекопитающих

Мишени микроРНК часто распознаются за счёт спаривания её затравочного участка с комплементарными сайтами в мРНК-мишенях, однако не все такие канонические сайты одинаково эффективны. Результаты вычислительного анализа и экспериментов с УФ-сшиванием in vivo указывают на то, что многие мРНК распознаются посредством неканонических взаимодействий. Мы показали, что недавно описанные неканонические сайты, несмотря на связывание с микроРНК, не обеспечивают подавления экспрессии. Это свидетельствует о том, что подавляющее большинство функциональных сайтов являются каноническими. Поэтому мы разработали усовершенствованную количественную модель канонического таргетирования, используя сводку экспериментальных данных, предварительно обработанных для минимизации искажающего влияния систематических смещений. Модель учитывает тип сайта и ещё 14 признаков для предсказания мРНК, наиболее эффективно регулируемых микроРНК. Она значительно превосошла существующие модели и по информативности не уступала лучшим высокопроизводительным методам УФ-сшивания in vivo. Эта модель лежит в основе последней версии TargetScan (v7.0; targetscan.org) и представляет собой ценный ресурс для включения микроРНК в регуляторные сети генов.