Plann: программа командной строки для аннотирования последовательностей пластома
Plann: A command-line application for annotating plastome sequences
Аннотация
Введение: Plann автоматизирует аннотирование последовательности пластома в формате GenBank для последующей обработки или подачи в GenBank. Новую последовательность пластома аннотируют на основе сходного, хорошо аннотированного пластома.
Методы и результаты: Plann — сценарий на языке Perl, который запускается из командной строки. Он сравнивает новую последовательность пластома с аннотированными элементами эталонного пластома, а затем переносит интервалы совпадающих элементов в соответствующие позиции новой последовательности. Результат работы Plann можно использовать в программе tbl2asn Национального центра биотехнологической информации для создания файла Sequin, необходимого для подачи последовательности в GenBank.
Выводы: В отличие от веб-инструментов для аннотирования, Plann запускается локально и позволяет точно аннотировать последовательность пластома относительно указанного локального эталона. Благодаря запуску из командной строки Plann можно включать в другие программные конвейеры и повторно запускать по мере доработки черновой последовательности пластома.
Переведем эту статью за 1 час
Загрузите PDF, а мы сделаем полный перевод, краткий конспект и красивую инфографику.
Попробовать бесплатно →Также в Подтеме: еженедельные литобзоры, база международных клинреков и конспекты свежих мед. статей и подкастов каждый день.