MetaBAT — эффективный инструмент для точной реконструкции отдельных геномов из сложных микробных сообществ

Группировка крупных геномных фрагментов, собранных из shotgun-метагеномных последовательностей, для деконволюции сложных микробных сообществ, или биннинг метагеномов, позволяет изучать отдельные организмы и их взаимодействия. Из-за сложности таких сообществ существующие методы биннинга метагеномов часто пропускают большое число микробных видов. Кроме того, большинство инструментов не масштабируется на большие наборы данных. Здесь мы представляем автоматизированное программное обеспечение MetaBAT, которое объединяет эмпирические вероятностные расстояния по обилию геномов и тетрануклеотидной частоте для точного биннинга метагеномов. MetaBAT превосходит альтернативные методы по точности и вычислительной эффективности как на синтетических, так и на реальных наборах метагеномных данных. Оно автоматически формирует сотни высококачественных геномных бинов на очень крупной сборке, состоящей из миллионов контигов, за несколько часов на одном узле. MetaBAT — программное обеспечение с открытым исходным кодом, доступное по адресу https://bitbucket.org/berkeleylab/metabat.