Снижение представленности видов бактерий, продуцирующих бутират, в фекальном микробном сообществе при болезни Крона

Введение: Генеральные изменения кишечного микробного сообщества (дисбиоз) играют важную роль в патогенезе воспалительных заболеваний кишечника (ВЗК). Однако бактериальные виды, характеризующие дисбиоз при ВЗК, остаются неясными. В этом исследовании с помощью секвенирования 16S рРНК оценивали изменения профиля фекальной микробиоты у пациентов с болезнью Крона (БК). Методы: Образцы кала от 10 пациентов с неактивной БК и 10 здоровых лиц подвергли секвенированию 16S рРНК. Гипервариабельные области V3–V4 16S рРНК секвенировали на системе Illumina MiSeq™II. Среднее число ридов на образец у пациентов с БК составило 62 201 и было значимо ниже, чем у контрольных образцов (73 716). У пациентов с БК по сравнению со здоровыми контролями значимо снижалось содержание родов Bacteroides, Eubacterium, Faecalibacterium и Ruminococcus. Напротив, содержание родов Actinomyces и Bifidobacterium у пациентов с БК было значимо выше. На уровне видов у пациентов с БК по сравнению со здоровыми лицами значимо снижалось содержание бактерий, продуцирующих бутират, таких как Blautia faecis, Roseburia inulinivorans, Ruminococcus torques, Clostridium lavalense, Bacteroides uniformis и Faecalibacterium prausnitzii (p < 0,05). Результаты секвенирования 16S рРНК были подтверждены у дополнительных пациентов с БК (n = 68) и здоровых контролей (n = 46) с помощью количественной ПЦР. Содержание Roseburia inulinivorans и Ruminococcus torques было значимо ниже у Hs-реактивный белок-положительных пациентов с БК по сравнению с Hs-реактивный белок-отрицательными пациентами с БК (p < 0,05). Выводы: Дисбиоз при БК характеризуется снижением представленности нескольких видов бактерий, продуцирующих бутират.