Перекрёстная валидация биомаркеров, связанных с выживаемостью при раке желудка, с использованием транскриптомных данных 1065 пациентов

Введение: При раке желудка неоднократно выявляли прогностические биомаркеры, основанные на экспрессии генов. Однако без подтверждения в независимом исследовании их клиническая ценность ограничена. Целью работы было создание надёжной базы данных для быстрой валидации ранее предложенных и будущих кандидатов в биомаркеры выживаемости при раке желудка.

Результаты: База данных включает образцы опухоли желудка от 1065 пациентов с данными об экспрессии генов. Среди 29 ранее установленных маркеров более высокая экспрессия BECN1 (HR = 0,68; p = 1,5E-05), CASP3 (HR = 0,5; p = 6E-14), COX2 (HR = 0,72; p = 0,0013), CTGF (HR = 0,72; p = 0,00051), CTNNB1 (HR = 0,47; p = 4,3E-15), MET (HR = 0,63; p = 1,3E-05) и SIRT1 (HR = 0,64; p = 2,2E-07) была связана с более высокой общей выживаемостью (ОВ). Более высокая экспрессия BIRC5 (HR = 1,45; p = 1E-04), CNTN1 (HR = 1,44; p = 3,5E-05), EGFR (HR = 1,86; p = 8,5E-11), ERCC1 (HR = 1,36; p = 0,0012), HER2 (HR = 1,41; p = 0,00011), MMP2 (HR = 1,78; p = 2,6E-09), PFKB4 (HR = 1,56; p = 3,2E-07), SPHK1 (HR = 1,61; p = 3,1E-06), SP1 (HR = 1,45; p = 1,6E-05), TIMP1 (HR = 1,92; p = 2,2E-10) и VEGF (HR = 1,53; p = 5,7E-06) была прогностическим фактором неблагоприятной ОВ.

Методы: Для создания единой интегрированной базы данных объединили образцы из трёх крупных онкологических исследовательских центров — наборов данных из Берлина, Бетесды и Мельбурна — с общедоступными наборами, содержащими данные последующего наблюдения. Затем провели поиск публикаций о прогностических маркерах при раке желудка в базе PubMed за 2012–2015 годы и повторно проверили полученные в них результаты с оценкой первого прогрессирования (ПП) и ОВ с помощью однофакторного и многофакторного регрессионного анализа пропорциональных рисков Кокса.

Выводы: Основное преимущество анализа заключается в том, что все гены оценивали у одной и той же группы пациентов, что позволило напрямую сравнить маркеры. Наиболее эффективными маркерами оказались BIRC5, CASP3, CTNNB1, TIMP1, MMP2, SIRT1 и VEGF.