HybPiper: выделение кодирующих последовательностей и интронов для филогенетического анализа по данным высокопроизводительного секвенирования с обогащением целевых последовательностей
HybPiper: Extracting coding sequence and introns for phylogenetics from high-throughput sequencing reads using target enrichment
Аннотация
Введение: Для филогенетического анализа данных, полученных методом обогащения целевых последовательностей, необходимо повторно собирать локусы из прочтений высокопроизводительного секвенирования, что сопряжено с рядом биоинформатических трудностей. Мы разработали HybPiper — удобную платформу для сборки генов, выделения последовательностей экзонов и интронов и выявления паралогичных копий генов. Работу HybPiper проверили на данных, полученных с помощью зондов к 333 филогенетическим маркерам и 125 генам, имеющим функциональное значение, у представителей рода Artocarpus (Moraceae).
Методы и результаты: HybPiper выполняет сборку последовательностей параллельно в три этапа: картирование прочтений, сборка контигов и извлечение целевых последовательностей. Для всех генов у 22 видов Artocarpus удалось восстановить почти полные последовательности. Кроме того, HybPiper извлёк более 500 п. н. нецелевых интронных последовательностей более чем для половины филогенетических маркеров и выявил паралогичные копии генов у представителей рода Artocarpus.
Выводы: HybPiper разработан для Linux и Mac OS X и доступен бесплатно по адресу https://github.com/mossmatters/HybPiper.
Переведем эту статью за 1 час
Загрузите PDF, а мы сделаем полный перевод, краткий конспект и красивую инфографику.
Попробовать бесплатно →Также в Подтеме: еженедельные литобзоры, база международных клинреков и конспекты свежих мед. статей и подкастов каждый день.