MFPPI — интерфейс ProtParam для анализа нескольких FASTA-последовательностей

Физико-химические свойства отражают функциональные и структурные характеристики белка. Сравнение этих свойств важно для понимания роли белка при изучении его молекулярной эволюции. Существует ряд онлайн- и офлайн-инструментов для расчёта физико-химических свойств отдельной белковой последовательности. Однако инструмента для сравнительного анализа нескольких последовательностей в формате Multi-FASTA с графической визуализацией данных нет. В статье описаны разработка и возможности MFPPI V.1.0 — веб-интерфейса, созданного на платформе Java и передающего каждую последовательность FASTA из файла Multi-FASTA на веб-сервер ProtParam для расчёта физико-химических свойств. MFPPI V.1.0 за один запуск рассчитывает различные физико-химические свойства заданного набора белков и сохраняет данные в таблице MSExcel. Кроме того, программа наглядно представляет свойства белков в графическом виде, упрощая анализ и визуализацию данных. Результаты такого анализа помогают понять изменения состава белков и их функциональные связи в ходе эволюции организмов. Возможности MFPPI V.1.0 продемонстрированы на 17 последовательностях белка mtATP6 разных видов млекопитающих. Программа доступна бесплатно по адресу http://insilicogenomics.in/mfpcalc/mfppi.html.