Изоляты вируса полосчатости жилок земляники в восточной Канаде генетически отличаются от других изолятов

Определена полная последовательность изолята вируса полосчатости жилок земляники (SVBV), собранного в Новой Шотландии (Канада) и обозначенного NS8. Кольцевой геном этого вируса представляет собой двухцепочечную ДНК длиной 7856 нуклеотидов и содержит семь открытых рамок считывания (ORF), что соответствует геномам других изолятов SVBV и представителей рода Caulimovirus. Сравнение последовательности NS8 с последовательностями полных геномов из баз данных показало наибольшее сходство с изолятом из Китая (96,5%; номер доступа HE681085), а наименьшее — с клоном pSVBV-E3 (88,3%; номер доступа X97304). Несмотря на высокое общее сходство последовательностей NS8 и китайского изолята, идентичность последовательностей ORF IV, кодирующей белок оболочки, у NS8 и китайского изолята составляет лишь 90,9%. При филогенетическом анализе полных геномов NS8 и все китайские изоляты вошли в одну кладу, а клон pSVBV-E3 — в отдельную. Примечательно, что филогенетический анализ всех доступных последовательностей ORF IV, полученных из баз данных и при секвенировании новых образцов из Канады в этом исследовании, выявил три отдельные клады. Все канадские изоляты вошли в одну кладу; pSVBV-E3 и несколько изолятов из Европы, Египта и США — во вторую; изоляты из Китая — в третью. Полученные результаты свидетельствуют о том, что генетическое разнообразие SVBV выше, чем считалось ранее.