Точные последовательностные варианты должны заменить операционные таксономические единицы в анализе данных маркерных генов

Недавние достижения позволили анализировать данные высокопроизводительного секвенирования маркерных генов без привычного построения молекулярных операционных таксономических единиц (ОТЕ, OTU) — кластеров ридов, различающихся менее чем на заданный порог несходства. Новые методы достаточно хорошо контролируют ошибки, чтобы ампликонные последовательностные варианты (ASV) можно было определять точно, вплоть до различий в один нуклеотид на протяжении секвенированного участка гена. Преимущества более тонкого разрешения очевидны, и доводы в пользу методов ASV обычно сводились к их лучшему разрешению. Менее очевидны, но, как мы полагаем, более важны широкие преимущества, связанные с тем, что ASV представляют собой устойчивые метки с внутренним биологическим смыслом, определяемые независимо от референсной базы данных. Здесь мы обсуждаем, как эти свойства придают ASV совокупные преимущества OTU с закрытой референсной идентификацией, включая вычислительные затраты, линейно растущие с размером исследования, простое объединение независимо обработанных наборов данных и возможность прогнозирования на будущее, а также de novo OTU, включая точное измерение разнообразия и применимость к сообществам, для которых в референсных базах данных недостаточно глубокого покрытия. Мы утверждаем, что улучшения в возможности повторного использования, воспроизводимости и полноте настолько велики, что ASV должны заменить OTU в качестве стандартной единицы анализа и представления данных маркерных генов.