Валидация набора зондов для одновременного выявления перестроек ALK и ROS1 методом FISH при немелкоклеточном раке лёгкого

Введение: Перестройки генов ALK и ROS1 определяют отдельные молекулярные подтипы немелкоклеточного рака лёгкого (НМРЛ) и служат предиктивными биомаркерами ответа на ингибиторы ALK и ROS1, например кризотиниб. Поэтому для выявления пациентов, которым может помочь такое лечение, важно разработать эффективную стратегию скрининга. Цель исследования — оценить аналитические характеристики набора Vysis ALK/ROS1 Dual Break Apart Probe Kit (RUO, только для исследовательского применения) при НМРЛ.

Методы: В исследование включили три когорты пациентов с гистологически подтверждённой аденокарциномой лёгкого: с перестройкой ALK, с перестройкой ROS1 и без перестроек ALK и ROS1. Исследовали 12 образцов с перестройкой ALK, 8 — с перестройкой ROS1 и 21 образец без перестроек ALK и ROS1; все образцы были фиксированы формалином, залиты в парафин и получены при хирургической резекции или эксцизионной биопсии. Перестройку ALK ранее оценивали с помощью Vysis ALK Break Apart FISH Probe Kit (Abbott Molecular, Abbott Park, IL, USA), а перестройку ROS1 — с помощью ZytoLightSPEC ROS1 Break Apart Probe (ZytoVision GmbH). Все образцы повторно исследовали с помощью набора Vysis ALK/ROS1 Dual Break Apart Probe Kit. Изображения FISH сканировали на системе BioView AllegroPlus, а затем дистанционно интерпретировали с помощью BioView SoloWeb.

Результаты: В общей сложности результаты исследования 41 образца с помощью набора Vysis ALK/ROS1 Dual Break Apart Probe Kit сопоставили с известным статусом перестроек ALK и ROS1. Среди 12 случаев с перестройкой ALK гибридизация с новым набором прошла успешно в 10 (83%); во всех 10 случаях была выявлена перестройка ALK, что соответствовало результатам Vysis ALK Break Apart FISH Probe Kit (согласованность 100%). Два случая исключили из анализа из-за слабых сигналов ROS1, которые невозможно было подсчитать. Среди 8 случаев с перестройкой ROS1 успешно оценить удалось 6 (75%); во всех шести была выявлена перестройка ROS1, что соответствовало результатам ZytoLightSPEC ROS1 Break Apart Probe (согласованность 100%). Два случая исключили из-за слабого золотого сигнала ROS1 или высокого фонового сигнала. В когорте из 21 образца без перестроек успешная оценка с помощью набора Vysis ALK/ROS1 Dual Break Apart FISH Probe Kit была проведена в 18 случаях (85%); во всех 18 результаты совпали с результатами наборов для выявления перестроек ALK и ROS1 (согласованность 100%).

Выводы: Набор Vysis ALK/ROS1 Dual Break Apart Probe Kit (RUO) позволяет одновременно выявлять перестройки ALK и ROS1 при НМРЛ.