Метаанализ профилей бактериального гена 16S рРНК высокого разрешения и анализ биоплёнок выявляют общие микробные консорциумы при колоректальном раке

Колоректальный рак (КРР) остаётся третьим по распространённости онкологическим заболеванием в мире, причём его частота растёт среди молодых взрослых. Многочисленные исследования выявили связь между микробиотой кишечника и КРР, предполагая её роль в риске развития заболевания. Несмотря на то что в исследованиях микробиоты при КРР анализируют всё более крупные когорты пациентов с использованием экономичных и быстрых платформ секвенирования ДНК, общих закономерностей выявлено немного — отчасти из-за ограниченной таксономической разрешающей способности и различий в методах анализа. Дополняет эти таксономические исследования недавно выявленный феномен: организация бактерий в структуры биоплёнок в слизистом слое кишечника характерна для правостороннего (проксимального), но не для левостороннего (дистального) колоректального рака. В настоящем исследовании выполнены ампликонное секвенирование гена 16S рРНК и количественная оценка биоплёнок в новой когорте пациентов из Малайзии, после чего проведён метаанализ 11 дополнительных общедоступных наборов данных о микробиоте кала и тканей при КРР с использованием Resphera Insight — аналитического инструмента высокого разрешения для видовой идентификации. Результаты, полученные в малайзийской когорте и расширенном метаанализе, подтверждают, что в тканях КРР обогащены инвазивные биоплёнки, особенно в правосторонних опухолях, симбионт с потенциалом канцерогенеза Bacteroides fragilis и оральные патогены, включая Fusobacterium nucleatum, Parvimonas micra и Peptostreptococcus stomatis. В совокупности виды, представленные в базе данных микробиома полости рта человека, значительно обогащены при КРР. Хотя ни один выявленный микробный признак не встречался во всех случаях, их существенное перекрытие и суммарная распространённость свидетельствуют в пользу роли микробиоты кишечника в значительной доле случаев КРР — более чем в 80%.