UBCG: актуальный набор генов бактериального ядра и программный конвейер для реконструкции филогеномных деревьев

Филогения на основе геномов играет центральную роль в будущем таксономии и филогенетики бактерий и архей, постепенно заменяя филогению по гену 16S рРНК. Для этой цели часто используют конкатенированные выравнивания генов ядра. К генам ядра бактерий относят гомологичные гены, представленные в геноме одной копией и встречающиеся у большинства известных видов бактерий. Ранее было опубликовано несколько наборов таких генов, однако при их разработке учитывали сравнительно небольшое число видов. Здесь представлен актуальный набор генов бактериального ядра UBCG и программные средства для выполнения необходимых этапов построения и оценки филогенетических деревьев. Метод успешно применили для реконструкции филогеномных связей между Escherichia и родственными таксонами; его можно использовать для анализа геномов бактерий на любом таксономическом уровне. Программный конвейер UBCG и средство просмотра файлов находятся в свободном доступе по адресам https://www.ezbiocloud.net/tools/ubcg и https://www.ezbiocloud.net/tools/ubcg_viewer соответственно.