Митогеном Mansonella ozzardi и характеристика псевдогенов: новые данные о систематике филярийных паразитов и ДНК-штрихкодировании по CO1

Несмотря на широкое распространение M. ozzardi в Латинской Америке и Карибском бассейне, для изучения эпидемиологии этого малоизученного паразита по-прежнему доступно очень мало данных о последовательностях ДНК. Последовательности митохондриальной ДНК (мтДНК), особенно участок гена цитохромоксидазы 1 (CO1), используемый для ДНК-штрихкодирования, успешно применяются для диагностики филярийных паразитов, а также в эпидемиологических, экологических и эволюционных исследованиях. Однако результаты исследований на основе мтДНК могут искажаться нераспознанными митохондриальными псевдогенами, например последовательностями митохондриального происхождения, интегрированными в ядерный геном. В этой работе с помощью полногеномного секвенирования на платформе Illumina HiSeq впервые получена полная последовательность митогенома рода Mansonella и выявлено несколько псевдогенов митохондриального происхождения. Филогенетический анализ митогенома отнёс M. ozzardi к кладе «ONC5» семейства Onchocercidae и показал, что паразиты рода Mansonella, вероятно, ближе к паразитам родов Wuchereria и Brugia, чем к паразитам рода Loa. Анализ выравнивания последовательностей ДНК, поиск по BLAST и трансляция нуклеотидных последовательностей дополнили филогенетический анализ и показали, что M. ozzardi из Амазонии и Карибского бассейна почти идентичны, а ранее опубликованные референсные последовательности CO1 перуанских M. ozzardi, вероятно, имеют псевдогенное происхождение. Полученные данные расширяют набор молекулярных инструментов для изучения рода Mansonella и подтверждают, что некоторые опубликованные последовательности CO1 M. ozzardi являются псевдогенами; кроме того, результаты указывают на близкое родство всех неотропических паразитов M. ozzardi.