Анализ слияний генов ALK на основе РНК при немелкоклеточном раке лёгкого с расхождением результатов ИГХ и FISH

Введение: Перестройки гена анапластической лимфомы-киназы (ALK) относятся к перспективным терапевтическим мишеням при распространённом немелкоклеточном раке лёгкого (НМРЛ); их преимущественно выявляют с помощью иммуногистохимического исследования (ИГХ) и/или флуоресцентной гибридизации in situ (FISH). Однако результаты этих методов иногда расходятся, особенно в так называемых пограничных случаях, когда сигналы FISH, указывающие на перестройку ALK, выявляются в 10–20% ядер опухолевых клеток — около порогового значения 15%. Это создаёт диагностическую, а следовательно, и терапевтическую дилемму.

Методы: Для дальнейшего анализа РНК отобрали 18 образцов с однозначными результатами (12 отрицательных и 6 положительных по ИГХ и FISH) и 15 образцов с неоднозначными результатами, когда данные FISH (Abbott, Vysis LSI ALK Dual Color) и ИГХ (Ventana, D5F3) расходились; среди них были случаи с пограничными результатами FISH. Для выявления перестроек ALK на уровне транскрипции РНК анализировали с помощью панели для мультиплексной ПЦР с последующим секвенированием на платформе IonTorrent, а также методом прямого подсчёта транскриптов с использованием цифрового анализа на основе зондов (NanoString). Чувствительность обоих методов определяли на РНК, полученной из серийных разведений клеток ALK-положительной линии.

Результаты: Для образцов с однозначными результатами ИГХ и FISH оба метода анализа РНК дали совпадающие результаты; три образца, отрицательных по ИГХ и положительных по FISH, оказались отрицательными. Все четыре образца, отрицательных по ИГХ и имеющих пограничный отрицательный результат FISH, а также все пять образцов, отрицательных по ИГХ и имеющих пограничный положительный результат FISH, дали отрицательный результат при массивном параллельном секвенировании и цифровом анализе на основе зондов. Оба образца, положительных по ИГХ и имеющих пограничный положительный результат FISH, были положительными по результатам анализа РНК; в опухоли с сомнительным результатом ИГХ и пограничным положительным результатом FISH транскрипт слияния ALK не обнаружили.

Выводы: Сопоставление методов подтверждения перестроек ALK показало согласованность выявления белка ALK методом ИГХ и транскриптов слияния ALK на уровне транскрипции с помощью массивного параллельного секвенирования и анализа на основе зондов. Лишь небольшая доля образцов с однозначно положительным результатом FISH не экспрессирует белок ALK и транскрипт слияния ALK, что может объяснять отсутствие ответа на ингибиторы ALK. Полученные данные позволяют заключить, что первичное тестирование на ALK следует проводить методом ИГХ и/или с помощью анализа РНК.