Инструменты для построения, анализа и оценки HLA-гаплотипов в семьях

Высокополиморфные классические гены HLA демонстрируют выраженное сцепленное неравновесие, что приводит к сохранению многолокусных гаплотипов. У неродственных лиц в определённых популяциях частоты HLA-гаплотипов можно оценивать методом максимизации ожидания. Гаплотипы также можно строить по сегрегации аллелей HLA в нуклеарных семьях. Многие несоответствия при HLA-генотипировании легко выявляются при визуальном анализе сегрегации аллелей HLA у членов семьи. Кроме того, при наличии двух и более детей в нуклеарной семье можно выявлять потенциальные события кроссинговера. Однако такой визуальный анализ неудобен, поэтому мы разработали программу HaplObserve для стандартизации процесса и автоматического построения гаплотипов на основе семейной сегрегации аллелей HLA. HaplObserve облегчает систематическое построение гаплотипов и сообщение о потенциальных событиях кроссинговера. HLA Haplotype Validator (HLAHapV) — программа, изначально разработанная для восстановления хромосомной фазы по данным генотипирования с использованием референсных данных по гаплотипам. Мы обновили и адаптировали HLAHapV для систематического сравнения наблюдаемых и оценённых гаплотипов. Мы также использовали HLAHapV для идентификации гаплотипов при наличии неинформативных HLA-генотипов в семьях. Наконец, мы разработали pould — пакет для R, который вычисляет частоты гаплотипов и оценивает стандартные меры глобального сцепленного неравновесия на уровне локусов как по наблюдаемым, так и по оценённым гаплотипам.