Системная биология и интеграция мультиомных данных: взгляды представителей научного сообщества, занимающегося метаболомикой

Использование нескольких омиксных технологий — геномики, транскриптомики, протеомики и метаболомики — становится все более распространенным во всех областях наук о жизни. По сравнению с традиционными подходами омиксные технологии позволяют получить более целостное молекулярное представление об изучаемых биологических системах. Однако из-за присущих этим технологиям различий в данных интеграция нескольких омиксных платформ по-прежнему остается сложной задачей для многих исследователей. Поскольку метаболиты являются конечными продуктами многочисленных взаимодействий генов, транскриптов и белков, метаболомика, а также регулярно используемые в этой области инструменты и подходы могут помочь интегрировать сложные наборы мультиомных данных. Каким образом это можно сделать? В настоящей работе предложены ответы на этот вопрос — методы, программные инструменты и базы данных, а также ряд рекомендаций и перечень сохраняющихся проблем, выявленных в ходе рабочей сессии специалистов по интеграции мультиомных данных. Сессия состоялась на прошедшей в сентябре 2018 года в Окленде (Новая Зеландия) конференции «Австралийская и новозеландская конференция по метаболомике» (ANZMET 2018). Мы надеемся, что этот материал послужит руководством для исследователей в области метаболомики и других представителей научного сообщества, планирующих проводить мультиомные исследования. Мы также полагаем, что эти идеи помогут реализовать весь потенциал интегрированных мультиомных исследований и, в конечном счете, системной биологии.