EasyCodeML: визуальный инструмент для анализа отбора с использованием CodeML

Геномные признаки положительного отбора и эволюционных ограничений можно выявлять с помощью анализа нуклеотидных последовательностей. Одна из наиболее широко используемых для этой цели программ — CodeML, входящая в пакет PAML. Несмотря на разработку ряда биоинформатических инструментов, облегчающих работу с CodeML, все они имеют различные ограничения. В настоящей работе представлен инструмент-обёртка EasyCodeML с удобным графическим интерфейсом для работы с CodeML. EasyCodeML поддерживает пользовательский режим запуска, в котором параметры можно настраивать в соответствии с различными требованиями. Предусмотрен также предустановленный режим запуска: в нём конвейер эволюционного анализа и таблицы, пригодные для публикации, экспортируются одним щелчком мыши. EasyCodeML обеспечивает визуальную интерактивную разметку филогенетического дерева, существенно упрощая использование моделей ветвей, ветвь–сайт и клад для анализа отбора. Программа позволяет сравнивать основные кодонные модели, применяемые для анализа отбора. EasyCodeML представляет собой автономный пакет, совместимый с операционными системами Windows, Mac и Linux; программа бесплатно доступна по адресу https://github.com/BioEasy/EasyCodeML.