Референсная последовательность генома европейской пихты белой (Abies alba Mill.): геномный ресурс, созданный научным сообществом

Пихта белая (Abies alba Mill.) — ключевой хвойный вид горных лесных экосистем Европы, численность популяций которого значительно колебалась в течение четвертичного периода и, в более позднее время, вследствие изменений землепользования. Для прогнозирования будущего ареала и выживания этого вида важно изучить генетические основы адаптации к изменениям окружающей среды, особенно к экстремальным событиям. С этой целью мы представляем первый черновой вариант сборки и аннотации генома пихты белой, созданный в рамках инициативы научного сообщества. Для построения и глубокого секвенирования библиотек Illumina с парно-концевыми и парными чтениями соответственно использовали ДНК, полученную из гаплоидного мегагаметофита и диплоидной ткани хвои. Собранная геномная последовательность включала более 37 млн скаффолдов общим объёмом 18,16 Гб; N50 скаффолдов составил 14 051 п. н. Несмотря на фрагментированность сборки, в ядерном геноме было функционально аннотировано 50 757 полноразмерных генов. Геном хлоропласта также был собран в один скаффолд размером 120 908 п. н.; он продемонстрировал высокую коллинеарность с полными геномами хлоропластов Abies alba, A. koreana и A. sibirica. Первая сборка генома пихты белой представляет собой важный геномный ресурс, который теперь общедоступен и призван поддержать новое поколение исследований. Этот ресурс создаёт геномную основу для изучения важного хвойного вида и открывает возможности для новых исследований и более точного генетического мониторинга лесов европейской пихты белой.