PhyloSuite: интегрированная и масштабируемая настольная платформа для упрощённого управления данными молекулярных последовательностей и эволюционных филогенетических исследований

Мультигенные и геномные наборы данных стали повсеместно использоваться в филогенетике, однако многие существующие инструменты не предназначены для работы с такими наборами, из-за чего анализ нередко оказывается длительным и трудоёмким. Мы представляем PhyloSuite — удобную кроссплатформенную настольную платформу с открытым исходным кодом и автономным графическим интерфейсом на Python, предназначенную для упрощения управления данными молекулярных последовательностей и проведения эволюционных филогенетических исследований. Платформа использует систему плагинов, интегрирующую несколько филогенетических и биоинформатических инструментов и тем самым оптимизирующую весь рабочий процесс — от получения данных до аннотирования филогенетических деревьев (в сочетании с iTOL). PhyloSuite обладает следующими возможностями: (a) графический интерфейс с управлением посредством выбора команд и перетаскивания объектов; (b) рабочая область для управления и организации данных молекулярных последовательностей и результатов анализа; (c) извлечение записей GenBank и проведение сравнительного статистического анализа; (d) филогенетический рабочий процесс с пакетной обработкой, включающий выравнивание последовательностей (mafft и macse), оптимизацию выравнивания (trimAl, HmmCleaner и Gblocks), конкатенацию наборов данных, выбор оптимальной схемы разбиения и наилучшей эволюционной модели (PartitionFinder и modelfinder), а также филогенетический анализ (MrBayes и iq-tree). PhyloSuite предназначена как для начинающих, так и для опытных исследователей: первые могут быстро освоить филогенетический анализ, а вторые — рационально проводить, сохранять и систематизировать свою работу, тратя больше времени на изучение научных вопросов, а не на перенос файлов из одной программы в другую.