BlobToolKit — интерактивная оценка качества сборок геномов

Восстановление целевых геномов по данным секвенирования, полученным на приборах, не различающих видовую принадлежность образцов, может быть осложнено контаминацией чужеродной ДНК. Она может попасть в образец на этапе его обработки или быть извлечена совместно с целевой ДНК. При недостаточно тщательном контроле на этапе сборки итоговый геном может представлять собой смесь данных нескольких видов. Такие сборки затрудняют биологические выводы, основанные на последовательностях, а после размещения в общедоступных базах данных могут использоваться в последующих анализах исследователями, не знающими о существующих проблемах.

Мы представляем BlobToolKit — программный комплекс, предназначенный для выявления и выделения нецелевых данных в черновых и общедоступных сборках геномов. BlobToolKit позволяет обрабатывать файлы сборок, ридов и результатов анализа, обеспечивая полностью воспроизводимое интерактивное исследование в браузерном средстве просмотра. Его можно использовать в ходе сборки для фильтрации ДНК нецелевых организмов, что помогает получать сборки с высокой биологической достоверностью.

Мы запустили автоматизированный конвейер BlobToolKit для эукариотических сборок, доступных в Международном сотрудничестве по базам данных нуклеотидных последовательностей, и предоставляем результаты через общедоступный экземпляр средства просмотра: https://blobtoolkit.genomehubs.org/view. Мы планируем завершить анализ всех доступных геномов, а затем поддерживать данные в актуальном состоянии по мере появления новых геномов. Мы также интегрировали эти представления в описание сборок геномов в Европейском архиве нуклеотидных последовательностей, чтобы сведения о качестве сборок отображались вместе с общедоступной записью; оттуда доступны ссылки для подробного исследования в средстве просмотра.