Генетическое разнообразие вируса слабой желтой окрайки земляники в восточной Канаде

Вирус слабой желтой окрайки земляники (SMYEV) относится к роду Potexvirus семейства Alphaflexiviridae. Это один из наиболее распространённых патогенных вирусов культурной земляники во всём мире. В этом исследовании изучали генетическое разнообразие SMYEV в посадках земляники, сильно пострадавших от болезни угнетения земляники, в восточных провинциях Канады: Нью-Брансуике, Новой Шотландии, на острове Принца Эдуарда и в Квебеке. В 56 полевых образцах выявили 134 последовательности гена белка оболочки (CP), соответствующие 85 нуклеотидным гаплотипам. Во всех четырёх провинциях обнаружена высокоразнообразная популяция SMYEV, однако генетические различия между популяциями были невелики. Кроме того, канадские изоляты SMYEV образовали обособленную генетически дивергентную группу, отличавшуюся от групп, описанных в других странах. Филогенетический анализ выявил три новые субклады SMYEV, состоявшие преимущественно из канадских вариантов и включавшие 76 гаплотипов последовательностей (76/85; 88%). Смешанные инфекции разными вариантами SMYEV обнаружили в 38 образцах (38/56; 68%). Эволюционный анализ позволяет предположить, что штаммы SMYEV в восточной Канаде, возможно, происходят из-за пределов страны, но адаптировались к местным условиям благодаря генетическим мутациям.